長鏈非編碼RNA(long noncoding RNA, lncRNA) 指的是長度大于200nt的RNA分子。它們不編碼蛋白，但參與細胞內(nèi)多種過程調(diào)控。近年來的研究表明，lncRNA參與了X染色體沉默，基因組印記以及染色質(zhì)修飾，轉(zhuǎn)錄激活，轉(zhuǎn)錄干擾，核內(nèi)運輸?shù)榷喾N重要的調(diào)控過程，lncRNA已經(jīng)成為非編碼RNA研究領域的一個熱點。

伯豪生物針對廣大客戶的需求，開發(fā)出全新的lncRNA芯片，并利用Agilent公司專利的SurePrint技術制造。伯豪lncRNA芯片可檢測人，大鼠，小鼠，助您的lncRNA研究一臂之力。

lncRNA研究技術線路

芯片參數(shù)

技術特點

• 目前市面上探針密度最高的lncRNA芯片產(chǎn)品；
• 芯片采用Agilent eArray平臺設計，使用Agilent SurePrint技術合成，技術重復性高于99%；
• 覆蓋主流數(shù)據(jù)庫所有l(wèi)ncRNA，可同時檢測lncRNA和mRNA，并挖掘兩者之間的關聯(lián)；
• 檢出率高：隨機引物擴增方式，可同時擴增帶Ploy-A和不帶Poly-A的lncRNA，確保更多的lncRNA被檢測出來；
• 提供完整lncRNA芯片數(shù)據(jù)分析解決方案。

數(shù)據(jù)分析流程

LncRNA與mRNA共表達網(wǎng)絡構(gòu)建

共表達網(wǎng)絡圖（Coexpression Network）是根據(jù)基因表達信號值的動態(tài)變化，計算基因間的共表達關系，得到基因間的表達調(diào)控關系及調(diào)控方向，從而構(gòu)建基因的表達調(diào)控網(wǎng)絡。通過研究lncRNA與mRNA的共表達關系，研究者可通過分析lncRNA調(diào)控能力，獲得樣本隨實驗變化的核心調(diào)控lncRNA。

備注：紅色為lncRNA, 綠色為mRNA。

經(jīng)典運用案例——黑色素瘤

      黑色素瘤是一種惡性程度極高，占皮膚腫瘤死亡病例的極大部分的常見腫瘤。對黑色素瘤特異性lncRNA的發(fā)現(xiàn)及其功能研究有助于對黑色素瘤進行更加精確的診斷和藥物開發(fā)。
      案例：Leucci E，Vendramin R，Spinazzi M，Laurette P，F(xiàn)iers M et al. Melanoma addiction to the long non-coding RNA SAMMSON. Nature. 2016 Mar 24;531(7595):518-22.

      本研究通過對TCGA上SNP數(shù)據(jù)和RNA-seq數(shù)據(jù)挖掘，找到了黑色素瘤特異性lncRNA-SAMMSON。生物信息學分析和驗證表明SOX10可直接調(diào)控其表達。基因敲降等實驗驗證SAMMSON影響黑色素瘤細胞的生存能力。此外，通過體外和腫瘤移植模型實驗表明，SAMMSON可以和p32互作，在線粒體中影響腫瘤的致瘤性。該研究為理解lncRNA-SAMMSON在黑色素瘤中的調(diào)控機制提供了理論基礎。

a. SAMMSON黑色素瘤樣本DNA拷貝數(shù)結(jié)果。

d. SAMMSON在黑色素瘤樣本中特異性高表達。

e. 不同組織和細胞樣本驗證SAMMSON特異性表達。

經(jīng)典運用案例——乳腺癌

      乳腺癌是一種常見的腫瘤，同時，乳腺癌也是一種極易復發(fā)和發(fā)生轉(zhuǎn)移的惡性腫瘤。上皮細胞到間質(zhì)細胞的轉(zhuǎn)化（EMT），是發(fā)生腫瘤轉(zhuǎn)移的重要因素之一。Twist，一種b-HLH轉(zhuǎn)錄因子，通過下調(diào)E-cadherin，對細胞的運動和侵襲起到非常重要的調(diào)控作用。尋找和研究Twist調(diào)控相關lncRNA有助于我們對腫瘤轉(zhuǎn)移過程的理解，也能為更好的對腫瘤轉(zhuǎn)移進行診斷和治療提供靶標。
      案例：Hu P，Yang JJ，Hou YX，Zhang HL，Zeng ZY et al. LncRNA expression signatures of twist-induced epithelial-to-mesenchymal transition in MCF10A cells. Cellular Signalling 26 (2014) 83–93.

      該研究利用高通量lncRNA芯片（由上海伯豪生物技術有限公司提供）篩選和生物信息學分析，找到了在Twist過表達下差異表達lncRNA和mRNA。通過后期功能的驗證，找到了腫瘤細胞遷移相關轉(zhuǎn)錄因子Twist誘導的EMT過程相關lncRNA和mRNA，為我們理解腫瘤轉(zhuǎn)移過程中，Twist通過影響lncRNA而調(diào)控EMT過程提供了理論基礎。

Twist調(diào)控lncRNA影響EMT作用模式圖

經(jīng)典案例——乳腺癌干細胞

      本研究是上一篇研究的衍生性工作。在Twist轉(zhuǎn)化細胞系時，研究人員發(fā)現(xiàn)Twist影響EMT過程會影響腫瘤細胞干性（CSC）。因此，通過對上述研究芯片結(jié)果（由上海伯豪生物技術有限公司提供）進行挖掘和深入驗證，找到了由Twist調(diào)控，影響乳腺癌腫瘤細胞干性的lncRNA-Hh。
      案例：Zhou M, Hou Y, Yang G, Zhang H, Tu G et al. LncRNA-Hh Strengthen Cancer Stem Cells Generation in Twist-Positive Breast Cancer via Activation of Hedgehog Signaling Pathway. Stem Cells. 2016 ,34(1):55-66.

      本研究發(fā)現(xiàn)在轉(zhuǎn)錄因子Twist誘導的乳腺癌細胞EMT轉(zhuǎn)化過程與腫瘤干性密切相關。通過芯片篩選和cis/trans靶基因預測與功能分析，該研究發(fā)現(xiàn)與Hedgehog通路相關的lncRNA-Hh可直接靶定GAS1，進而激活該通路。進一步的實驗表明，lncRNA-Hh增強SOX2和OCT4的表達，維持CSC特性和腫瘤致瘤性。該研究為理解Twist調(diào)控乳腺癌過程中l(wèi)ncRNA的角色提供了理論基礎。

LncRNA-Hh促進乳腺癌腫瘤致瘤性

單位介紹

•        上海伯豪生物技術有限公司（Shanghai Biotechnology Corporation）是上海生物芯片有限公司/生物芯片上海國家工程研究中心根據(jù)國內(nèi)外研發(fā)外包發(fā)展的需要，整合旗下系統(tǒng)技術平臺、商業(yè)化服務體系、高素質(zhì)服務團隊等資源成立的致力于研發(fā)外包服務的專業(yè)化公司。

  上海伯豪生物技術有限公司擁有六大服務平臺：生物樣品分析平臺、微陣列芯片平臺、新一代測序平臺、生物標志物平臺、分子檢測平臺、生物信息平臺，憑借高標準的技術平臺和多樣化的服務等競爭優(yōu)勢，公司向國內(nèi)外企業(yè)和相關單位提供系統(tǒng)的生物學研究全面解決方案。目前正在為多達18家跨國制藥企業(yè)（包括排名前10位的跨國制藥企業(yè)）和超過3000家的國內(nèi)科研機構(gòu)、醫(yī)院等提供基因表達譜、基因分型、比較基因組學、DNA甲基化、miRNA、生物標志物篩選及確認、生物信息等技術服務。 

  公司擁有一支以上海為基礎，輻射全國的強大市場營銷隊伍和銷售網(wǎng)絡，已設立華北、華南、華東三個大區(qū)十五個辦事處，推廣公司的主導技術服務、代理產(chǎn)品，快速提升公司品牌的知名度，擴大影響力。過去10年承接項目數(shù)超過10000個，用戶單位3000家以上，協(xié)助客戶發(fā)表SCI論文700余篇（影響因子共計3000多分），全面推動了中國基因組學服務產(chǎn)業(yè)的發(fā)展。 

  公司建立了規(guī)?；馁|(zhì)量控制體系，通過了ISO9001: 2008質(zhì)量技術體系的認證，并參照GLP-L的標準，通過128個SOP文件對項目、樣品、實驗過程、生物信息分析過程、數(shù)據(jù)信息管理、保密等進行嚴格質(zhì)控。尤其是數(shù)據(jù)管理，做到異地備份，保密管理。為用戶的數(shù)據(jù)真實性、可靠性提供了保證。

  公司的系統(tǒng)化技術平臺和高質(zhì)量的服務體系得到了廣大客戶認可和合作伙伴的高度評價。公司平臺陸續(xù)獲得了國際知名高通量技術廠商Illumina、Affymetrix、Agilent、ABI的技術服務中心認證。公司于2012年獲得諾華（CNIBR）優(yōu)秀供應商獎（Supplier Award 2012）。公司是Affymetrix公司在中國第一家認證的服務提供商，是Agilent公司在國內(nèi)唯一認證的服務提供商，先后被授予“Agilent公司亞太區(qū)最佳服務供應商”和“Affymetrix公司優(yōu)秀服務商”稱號。

  
  

單位資質(zhì)

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