Affymetrix GeneChip® Human Transcriptome Array 2.0芯片

最高分辨率的基因芯片，支持所有轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體的全轉(zhuǎn)錄組分析
研究表明，數(shù)萬個(gè)人類基因中包含了幾萬個(gè)外顯子，他們產(chǎn)生了幾十萬個(gè)不同的轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體。當(dāng)基因的外顯子在加工好的信使RNA中被保留或去除時(shí)，這些轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體就產(chǎn)生了。選擇性剪接的五個(gè)基本模式為:

• 外顯子跳躍 ( Exon skipping )
• 選擇性3' 端供體位點(diǎn) ( Alternative3' donor sites )
• 互斥外顯子 ( Mutually exclusive exons)
• 內(nèi)盒子保留( Intronretention )
• 選擇性 5'端供體位點(diǎn) (Alternative 5' donorsites )

上海伯豪利用Affymetrix 最新開發(fā)的 GeneChip Human Transcriptome Array 2.0 芯片為您提供支持所有轉(zhuǎn)錄本異構(gòu) 體的全轉(zhuǎn)錄組分析。同時(shí)，針對(duì)超過 40，000個(gè)非編碼轉(zhuǎn)錄本的探針設(shè)計(jì)，還可幫助您對(duì)非編碼 RNA進(jìn)行分析。

芯片及服務(wù)特點(diǎn)

• 包含超過六百萬條不同探針，覆蓋編碼和非編碼轉(zhuǎn)錄本 。

• 芯片設(shè)計(jì)和注釋的數(shù)據(jù)庫來源包括：

• 該芯片為每個(gè)外顯子設(shè)計(jì)約10條探針，每個(gè)外顯子之間的剪接點(diǎn)有4條探針。確保每個(gè)實(shí)驗(yàn)室都能獲得完整、準(zhǔn)確和可重復(fù)的數(shù)據(jù)。

-個(gè)典型的基因 (LMNB1 ，如下圖所示)包含了許多轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體，測定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體相對(duì)豐度的變化為疾病和生物學(xué)研究提供 了新的啟示. HTA提供了外顯子和亞外顯子水平的表這變化分析，同時(shí)能檢測可變剪切所產(chǎn)生的轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體.每個(gè)獨(dú)特外顯子區(qū)域 都設(shè)計(jì)了10條探針以檢測一個(gè)篡因所有轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體.此外，HTA為每個(gè)己知的可變剪切位點(diǎn)設(shè)計(jì)了 4條特異的探針(未在圖中顯示) ，每個(gè)基因平均有140條探針.通常 RNA-Seq實(shí)驗(yàn)只和RefSeq數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對(duì)分析，在這個(gè)例子中， LMNB1基因只有3個(gè)轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體可以通過 RNA-Seq檢測到（第2、3和13條轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體)。HTA整合了多個(gè)數(shù)據(jù)庫的內(nèi)窯，實(shí)現(xiàn)了了所有的15個(gè)轉(zhuǎn)錄異構(gòu)體的 全面分析。

• 與RNA-Seq比較數(shù)據(jù)：

對(duì)于RNA-Seq，測序的深度以及表達(dá)水平都影響精確性；GeneChip® Human Transcriptome Array 2.0（HTA）無論轉(zhuǎn)錄本豐度高低均能提供精確的基因表達(dá)數(shù)據(jù)。

通過-個(gè)線性樣本混合物模型( Linear Tissue MixtureModel)評(píng)估了所育外顯子的表達(dá)水 平檢測的準(zhǔn)確性 ，該 模型根據(jù)預(yù)先設(shè)定的比例混合兩個(gè) RNA標(biāo)準(zhǔn)品. y軸是 檢測錯(cuò)誤或(D-Cν(B-A))的MAD (Mean Absolute Deviation， 平均絕對(duì)偏差)的絕對(duì)值，其中標(biāo)準(zhǔn)品 A= Universal Human Reference RNA(UHRR) ，AgilentTl hnologies，nI c.; 標(biāo)準(zhǔn)品B= Human Brain Reference RNA (HBRR) ，Life Technologies，n!c.; C=75%A+25% B; D=25%A+75%B。 HTA芯片提供的全轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)測定的準(zhǔn)確性相當(dāng)于 HiSeqT 2000系統(tǒng)上2個(gè)Lane測序數(shù)據(jù)所帶來的準(zhǔn)確性.

 RNA- Seq 的準(zhǔn)確性取決于測序深度。 GeneChip Human Transcriptome Array 2.0( HTA)提供了準(zhǔn)確的結(jié)果 ，真準(zhǔn)確性相當(dāng)于2個(gè)Lane的RNA-Seq數(shù)據(jù)。

通過一個(gè)線性樣本混合物模型(Li near Tissue Mixture Model)評(píng)估了所有外顯子的表達(dá)水平檢測的準(zhǔn)確性 ，該模型根據(jù)預(yù)先設(shè)定的比 例混合兩個(gè)RNA標(biāo)準(zhǔn)品。 y軸:是檢測錯(cuò)誤或(D-C)j(B-A))的MAD (Mean Absolute Deviation，平均絕對(duì)偏差)的絕對(duì)值，其中標(biāo)準(zhǔn)品 A=Universal Human Reference RNA(UHRR) ，Agilent Technologies，Inc. ;標(biāo)準(zhǔn)品B=Human Brain Reference RNA(HBRR) ， Life Technologies ，lnc. ; C=75%A+25%B ; D=25%A +75%B. HTA芯片提供的全轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)測定的準(zhǔn)確性相當(dāng)于 HiSeq 2000 系統(tǒng)上2個(gè)Lane測序數(shù)據(jù)所帶來的準(zhǔn)確性.

• 重復(fù)性高（批內(nèi)相關(guān)系數(shù)≥0.99），所有檢測過的組織觀察到的變異系數(shù)（CV）＜6.5%
• 樣品類型既包括新鮮凍存樣品，也包括FFPE樣本。
• 完整的數(shù)據(jù)分析解決方案

利用Affymetrix Transcriptom Analysis Console ( TAC )軟件迦行數(shù)據(jù)分析.
可提供更加簡便而全面的數(shù)據(jù)分析:用于選行基因水 平、外顯子水平、 可變剪接分析 ;操作簡便，只需四步即可進(jìn)行完整的生物信息 分析;能夠更加直觀的展示芯片中發(fā)現(xiàn)的重要差異基因;并能夠發(fā)現(xiàn)、區(qū)分并展示不同 transcript isoforms ;同時(shí)，將結(jié)果與公用數(shù) 據(jù)庫鏈接比對(duì)。

單位介紹

•        上海伯豪生物技術(shù)有限公司（Shanghai Biotechnology Corporation）是上海生物芯片有限公司/生物芯片上海國家工程研究中心根據(jù)國內(nèi)外研發(fā)外包發(fā)展的需要，整合旗下系統(tǒng)技術(shù)平臺(tái)、商業(yè)化服務(wù)體系、高素質(zhì)服務(wù)團(tuán)隊(duì)等資源成立的致力于研發(fā)外包服務(wù)的專業(yè)化公司。

  上海伯豪生物技術(shù)有限公司擁有六大服務(wù)平臺(tái)：生物樣品分析平臺(tái)、微陣列芯片平臺(tái)、新一代測序平臺(tái)、生物標(biāo)志物平臺(tái)、分子檢測平臺(tái)、生物信息平臺(tái)，憑借高標(biāo)準(zhǔn)的技術(shù)平臺(tái)和多樣化的服務(wù)等競爭優(yōu)勢，公司向國內(nèi)外企業(yè)和相關(guān)單位提供系統(tǒng)的生物學(xué)研究全面解決方案。目前正在為多達(dá)18家跨國制藥企業(yè)（包括排名前10位的跨國制藥企業(yè)）和超過3000家的國內(nèi)科研機(jī)構(gòu)、醫(yī)院等提供基因表達(dá)譜、基因分型、比較基因組學(xué)、DNA甲基化、miRNA、生物標(biāo)志物篩選及確認(rèn)、生物信息等技術(shù)服務(wù)。 

  公司擁有一支以上海為基礎(chǔ)，輻射全國的強(qiáng)大市場營銷隊(duì)伍和銷售網(wǎng)絡(luò)，已設(shè)立華北、華南、華東三個(gè)大區(qū)十五個(gè)辦事處，推廣公司的主導(dǎo)技術(shù)服務(wù)、代理產(chǎn)品，快速提升公司品牌的知名度，擴(kuò)大影響力。過去10年承接項(xiàng)目數(shù)超過10000個(gè)，用戶單位3000家以上，協(xié)助客戶發(fā)表SCI論文700余篇（影響因子共計(jì)3000多分），全面推動(dòng)了中國基因組學(xué)服務(wù)產(chǎn)業(yè)的發(fā)展。 

  公司建立了規(guī)模化的質(zhì)量控制體系，通過了ISO9001: 2008質(zhì)量技術(shù)體系的認(rèn)證，并參照GLP-L的標(biāo)準(zhǔn)，通過128個(gè)SOP文件對(duì)項(xiàng)目、樣品、實(shí)驗(yàn)過程、生物信息分析過程、數(shù)據(jù)信息管理、保密等進(jìn)行嚴(yán)格質(zhì)控。尤其是數(shù)據(jù)管理，做到異地備份，保密管理。為用戶的數(shù)據(jù)真實(shí)性、可靠性提供了保證。

  公司的系統(tǒng)化技術(shù)平臺(tái)和高質(zhì)量的服務(wù)體系得到了廣大客戶認(rèn)可和合作伙伴的高度評(píng)價(jià)。公司平臺(tái)陸續(xù)獲得了國際知名高通量技術(shù)廠商Illumina、Affymetrix、Agilent、ABI的技術(shù)服務(wù)中心認(rèn)證。公司于2012年獲得諾華（CNIBR）優(yōu)秀供應(yīng)商獎(jiǎng)（Supplier Award 2012）。公司是Affymetrix公司在中國第一家認(rèn)證的服務(wù)提供商，是Agilent公司在國內(nèi)唯一認(rèn)證的服務(wù)提供商，先后被授予“Agilent公司亞太區(qū)最佳服務(wù)供應(yīng)商”和“Affymetrix公司優(yōu)秀服務(wù)商”稱號(hào)。

  
  

單位資質(zhì)

暫無信息