RNA Immunoprecipitation（RIP）是研究細胞內(nèi)RNA與蛋白結(jié)合情況的技術(shù)，是了解轉(zhuǎn)錄后調(diào)控網(wǎng)絡(luò)動態(tài)過程的有力工具，能更有效地發(fā)現(xiàn)miRNA的調(diào)節(jié)靶點。RIP技術(shù)針對目標蛋白的抗體把相應的RNA-蛋白復合物沉淀下來。之后，經(jīng)過分離純化就可以對結(jié)合在復合物上的RNA進行測序、芯片等高通量分析。

上海伯豪將RIP技術(shù)結(jié)合新一代測序技術(shù)，推出了RIP-SEQ服務(wù)，將有助于廣大科研工作者更高通量地了解癌癥以及其它疾病整體水平的RNA變化。

一、 RIP -SEQ實驗基本原理：

• 用抗體或表位標記物捕獲細胞核內(nèi)或細胞質(zhì)中內(nèi)源性的RNA結(jié)合蛋白。
• 防止非特異性的RNA的結(jié)合。
• 免疫沉淀把RNA結(jié)合蛋白及其結(jié)合的RNA一起分離出來。
• 結(jié)合的RNA序列通過高通量測序（RIP-Seq）方法來鑒定。

二、 上海伯豪RIP-SEQ數(shù)據(jù)分析服務(wù)內(nèi)容：

• 原始數(shù)據(jù)的QC、數(shù)據(jù)預處理
• RIP-seq 分析
  1) 將reads比對到基因組：將預處理reads與reference genome進行mapping，最后得到mapping的sam結(jié)果文件，給出mapping結(jié)果統(tǒng)計。
  2) peak detect：應用sam文件進行peak富集區(qū)查找。
  3) motif detect：查找結(jié)合位點區(qū)結(jié)構(gòu)特性，尋找轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合區(qū)域的motif結(jié)構(gòu)。
  4) 基因關(guān)聯(lián)：應用結(jié)合位點區(qū)位置，確定其周圍所涉及的基因。
  5) 關(guān)聯(lián)基因GO差異分析：以參考基因組為背景集對結(jié)合位點關(guān)聯(lián)基因進行GO富集分析。

單位介紹

•        上海伯豪生物技術(shù)有限公司（Shanghai Biotechnology Corporation）是上海生物芯片有限公司/生物芯片上海國家工程研究中心根據(jù)國內(nèi)外研發(fā)外包發(fā)展的需要，整合旗下系統(tǒng)技術(shù)平臺、商業(yè)化服務(wù)體系、高素質(zhì)服務(wù)團隊等資源成立的致力于研發(fā)外包服務(wù)的專業(yè)化公司。

  上海伯豪生物技術(shù)有限公司擁有六大服務(wù)平臺：生物樣品分析平臺、微陣列芯片平臺、新一代測序平臺、生物標志物平臺、分子檢測平臺、生物信息平臺，憑借高標準的技術(shù)平臺和多樣化的服務(wù)等競爭優(yōu)勢，公司向國內(nèi)外企業(yè)和相關(guān)單位提供系統(tǒng)的生物學研究全面解決方案。目前正在為多達18家跨國制藥企業(yè)（包括排名前10位的跨國制藥企業(yè)）和超過3000家的國內(nèi)科研機構(gòu)、醫(yī)院等提供基因表達譜、基因分型、比較基因組學、DNA甲基化、miRNA、生物標志物篩選及確認、生物信息等技術(shù)服務(wù)。 

  公司擁有一支以上海為基礎(chǔ)，輻射全國的強大市場營銷隊伍和銷售網(wǎng)絡(luò)，已設(shè)立華北、華南、華東三個大區(qū)十五個辦事處，推廣公司的主導技術(shù)服務(wù)、代理產(chǎn)品，快速提升公司品牌的知名度，擴大影響力。過去10年承接項目數(shù)超過10000個，用戶單位3000家以上，協(xié)助客戶發(fā)表SCI論文700余篇（影響因子共計3000多分），全面推動了中國基因組學服務(wù)產(chǎn)業(yè)的發(fā)展。 

  公司建立了規(guī)?；馁|(zhì)量控制體系，通過了ISO9001: 2008質(zhì)量技術(shù)體系的認證，并參照GLP-L的標準，通過128個SOP文件對項目、樣品、實驗過程、生物信息分析過程、數(shù)據(jù)信息管理、保密等進行嚴格質(zhì)控。尤其是數(shù)據(jù)管理，做到異地備份，保密管理。為用戶的數(shù)據(jù)真實性、可靠性提供了保證。

  公司的系統(tǒng)化技術(shù)平臺和高質(zhì)量的服務(wù)體系得到了廣大客戶認可和合作伙伴的高度評價。公司平臺陸續(xù)獲得了國際知名高通量技術(shù)廠商Illumina、Affymetrix、Agilent、ABI的技術(shù)服務(wù)中心認證。公司于2012年獲得諾華（CNIBR）優(yōu)秀供應商獎（Supplier Award 2012）。公司是Affymetrix公司在中國第一家認證的服務(wù)提供商，是Agilent公司在國內(nèi)唯一認證的服務(wù)提供商，先后被授予“Agilent公司亞太區(qū)最佳服務(wù)供應商”和“Affymetrix公司優(yōu)秀服務(wù)商”稱號。

  
  

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